Ο Δρ Ιωάννης Βακαλόπουλος αποφοίτησε από το Πανεπιστήμιο Πατρών το 1989 με βαθμό Άριστα. Ολοκλήρωσε την ειδικότητά του στην Ουρολογία στο Ιπποκράτειο Γενικό Νοσοκομείο Θεσσαλονίκης το 1997. Μετά τη ειδικότητα εκπαιδεύθηκε ως Fellow για περίπου δύο έτη στη Νευροουρολογία-Γυναικουρολογία στο Λονδίνο στο Ινστιτούτο Ουρολογίας & Νεφρολογίας του UCL στο νοσοκομείο Middlesex. Παρακολούθησε επίσης εκπαιδευτικά προγράμματα Ανδρολογίας και Προσθετικής Ουρολογίας στη Γερμανία και τις ΗΠΑ. Από το 1998 κατέχει τον τίτλο του Fellow of European Boards of Urology. Το 2000 πήρε το Διδακτορικό του Δίπλωμα με βαθμό Άριστα από την Ιατρική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Από το 2014 κατέχει τον τίτλο του Fellow of European Committee of Sexual Medicine. Από το 2005, όταν εκλέχθηκε για πρώτη φορά στη βαθμίδα του Λέκτορα Ουρολογίας, μέχρι σήμερα είναι τακτικό μέλος ΔΕΠ της Ιατρικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης στη βαθμίδα του Τακτικού Καθηγητή Ουρολογίας-Ανδρολογίας. Εργάζεται στην Α’ Ουρολογική Κλινική του ΑΠΘ, που στεγάζεται στο Γενικό Νοσοκομείο «Γ. Γεννηματάς» Θεσσαλονίκης και η οποία χορηγεί πλήρη ειδικότητα.
Ο Δρ Βακαλόπουλος διετέλεσε δύο φορές Πρόεδρος της Ελληνικής Ανδρολογικής Εταιρείας και πρόεδρος της Ουρολογικής Εταιρείας Βορείου Ελλάδος. Στο διάστημα αυτό διοργάνωσε ως πρόεδρος της οργανωτικής επιτροπής το 12ο Πανελλήνιο Ουρολογικό Συνέδριο Βορείου Ελλάδος και το 11ο και 12ο Πανελλήνιο Συνέδριο της Ελληνικής Ανδρολογικής Εταιρείας
Ο Δρ Βακαλόπουλος ήταν προσκεκλημένος ομιλητής σε περισσότερες από 100 ελληνικές και διεθνείς επιστημονικές συναντήσεις. Από το 2014 είναι επίσημος εκπαιδευτής του Ανδρολογικού Κέντρου της Ευρωπαϊκής Ακαδημίας Ανδρολογίας στη Θεσσαλονίκη
Ο Δρ Βακαλόπουλος είναι ενεργό μέλος του British Medical Council Specialists Register, ενεργό μέλος της European Association of Urology, της European Society for Sexual Medicine και της International Society of Andrology.
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα αφορούν τον τομέα της Ανδρολογίας και ιδιαίτερα της ανδρικής υπογονιμότητας, της ανδρικής σεξουαλικής δυσλειτουργίας, της προσθετικής ουρολογικής χειρουργικής, της ακράτειας ανδρών και γυναικών και της νευροουρολογίας και της ουρολογικής ογκολογίας. Έχει 71 πλήρεις δημοσιεύσεις σε επιστημονικά περιοδικά με 788 αναφορές, 14 h Index και 19 i10 index. Είναι τακτικός κριτής σε πολλά περιοδικά και Associate editor στο Journal of Medical Case Reports και Sectional Editor στο περιοδικό HIPPOKRATIA. Συμμετέχει σε κλινικές δοκιμές από το 2006.